ไมโครไบโอต้ามีบทบาทพื้นฐานในการเหนี่ยวนำ การฝึก และการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันของร่างกาย ในทางกลับกัน ระบบภูมิคุ้มกันได้พัฒนาขึ้นอย่างมากเพื่อรักษาความสัมพันธ์ทางชีวภาพของโฮสต์กับจุลินทรีย์ที่มีความหลากหลายสูงและกำลังพัฒนาเหล่านี้ เมื่อทำงานอย่างเหมาะสม พันธมิตรของระบบภูมิคุ้มกันและไมโครไบโอต้านี้จะช่วยให้เกิดการตอบสนองต่อการป้องกันต่อเชื้อโรคและการบำรุงรักษาเส้นทางการกำกับดูแลที่เกี่ยวข้องในการบำรุงรักษาความทนทานต่อแอนติเจนที่ไม่เป็นอันตราย จุลินทรีย์ อย่างไรก็ตาม ในประเทศที่มีรายได้สูง การใช้ยาปฏิชีวนะมากเกินไป การเปลี่ยนแปลงอาหาร และการกำจัดพันธมิตรที่เป็นส่วนประกอบ เช่น ไส้เดือนฝอย ได้เลือกจุลินทรีย์ที่ขาดความยืดหยุ่นและความหลากหลายที่จำเป็นในการสร้างการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่สมดุล