ในห้องเรียนมีการใช้กล้องจุลทรรศน์เพื่อสอนนักเรียนเกี่ยวกับโครงสร้างของสิ่งที่เล็กเกินกว่าจะมองเห็นได้ด้วยตามนุษย์เพียงอย่างเดียว แต่ละเซลล์ของพืช สัตว์ แบคทีเรีย และยีสต์สามารถมองเห็นได้โดยใช้กล้องจุลทรรศน์แบบผสม การเปรียบเทียบสิ่งมีชีวิตเหล่านี้ช่วยให้นักเรียนได้เรียนรู้เกี่ยวกับความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตบนโลก นอกจากนี้ยังสามารถใช้วิธีการทำงานของ กล้องจุลทรรศน์ ในการสอนนักเรียนเกี่ยวกับคุณสมบัติของแสง ฟิสิกส์ของเลนส์และกระจก และเทคนิคการย้อมสีสำหรับตัวอย่างต่างๆ นอกจากนี้ ยังสามารถมองเห็นส่วนต่างๆ ของเซลล์ได้ในขณะที่นักเรียนเรียนรู้เกี่ยวกับหน้าที่เฉพาะของตน