แต่ก็มีความแตกต่างที่สำคัญหลายประการระหว่าง EEG ของหนังศีรษะและ EEG ที่บันทึกโดยตรงจากพื้นผิวของเปลือกสมอง หนังศีรษะน้ำไขสันหลังและเยื่อดูราทำหน้าที่เป็นทั้งเครื่องหาค่าเฉลี่ยเชิงพื้นที่และตัวกรองสำหรับกิจกรรมทางไฟฟ้าที่มาจากเยื่อหุ้มสมอง หนังศีรษะ เฉพาะกิจกรรมที่เกิดขึ้นพร้อมกันในบริเวณคอร์เทกซ์ที่ค่อนข้างใหญ่เท่านั้นที่จะสะท้อนให้เห็นบน EEG ของหนังศีรษะ